W 2006 roku na zlecenie miasta stołecznego Warszawy jedna z pracowni architektonicznych przygotowała plan zagospodarowania przestrzennego terenu obejmującego również WFDiF, zamiast Wytwórni pojawiły się apartamenty, pas zieleni i nowe drogi. Projektant w żadnym stopniu nie uwzględnił ani istniejących budynków (de facto wszystkie zakwalifikował do wyburzeń), ani prawa własności (grunty należą do Skarbu Państwa, a WFDiF jest przecież instytucją podległą Ministrowi Kultury i Dziedzictwa Narodowego). Opracowując plan władze Warszawy wykreśliły możliwość rozwoju a nawet istnienia WFDiF w obecnym miejscu. Nie zaproponowały też innej lokalizacji ani środków finansowych, aby Wytwórnię odtworzyć w innym miejscu. Założenia planu pokazały, że losy największej polskiej wytwórni filmowej, w której powstawały dzieła najznakomitszych rodzimych reżyserów, są im całkowicie obojętne.
Nowy plan zagospodarowania terenów przy Chełmskiej jest poważnym zagrożeniem dla 60 – letniej tradycji i przyszłości Wytwórni. Wyklucza prowadzenie i rozwój działalności WFDiF. Plan zakłada bowiem budowę nowych dróg (rozdzielając tym samym teren Wytwórni na 6 części), pozostawienie znaczących terenów zieleni parkowej oraz przeznaczenie części terenów do zabudowy usługowej, co spowoduje w przyszłości konieczność wyburzenia ponad 20 budynków, w tym Mistrzowskiej Szkoły Reżyserii Andrzeja Wajdy, nowych hal zdjęciowych, archiwum filmowego, zakładu montażu i dźwięku oraz części budynków Filmoteki Narodowej.
Oburzeni propozycją Urzędu Miasta przedstawiciele WFDiF złożyli w odpowiednim terminie uwagi do planu, kwestionując w całości zaprojektowane zmiany.
Pomimo tego uwagi do planu zostały uwzględnione w niewielkim stopniu. Nie uwzględniono m. in. sugestii dotyczących nowego układu dróg, nie zrezygnowano też z zaplanowanych terenów zielonych. Dodatkowo na planie zaprojektowano dominantę wysokościową (np. wieżowiec?).
W sprawę zaangażował się Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Bogdan Zdrojewski, Państwowy Instytut Sztuki Filmowej oraz Rada Dzielnicy Mokotów. Żadne z przesłanych do Urzędu m. st. Warszawy pism w sprawie WFDiF, zarówno tych, które wyszły z Wytwórni jak i Państwowego Instytutu Sztuki Filmowej oraz Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, nie doczekały się odpowiedzi. Świadczy to ewidentnie o złej woli odpowiedzialnych za tą sprawę urzędników warszawskiego Ratusza.
