Wkrótce po zajęciu fabryki Schindler przystąpił do jej rozbudowy według planów przygotowanych jeszcze przez byłych udziałowców Rekordu. Taka inwestycja była możliwa dzięki kapitałowi żydowskich przedsiębiorców, którzy w zamian otrzymali towar lub zatrudnienie w Emalii.
W zakładzie produkowano naczynia emaliowane wedle tej samej technologii, którą stosowano przed wojną. Uruchomiono w niej także dział produkcji zbrojeniowej – wykonywano menażki dla Wehrmachtu, łuski i zapalniki do pocisków artyleryjskich oraz lotniczych – wszystko po to, by fabryka mogła się utrzymać. Warunki pracy były ciężkie, szczególnie na stanowiskach przy piecach emalierskich oraz przy kadziach z kwasem siarkowym.
Wśród zatrudnionych robotników początkowo przeważali Polacy, z czasem wzrastała liczba pracowników żydowskich rekrutowanych za pośrednictwem urzędu pracy w getcie (marzec 1941 – marzec 1943). Polacy pozostali w zakładzie głównie na stanowiskach administracyjnych. Liczba pracowników żydowskich wzrosła z ponad 100 w 1940 roku do około 1100 w 1944 roku (jest to suma pracowników z trzech okolicznych zakładów, skoszarowanych w podobozie przy DEF).
W czasie istnienia getta w Podgórzu pracowników żydowskich doprowadzano do fabryki pod eskortą straży przemysłowej (Werkschutzów) lub Ukraińców. Kiedy w 1943 roku zlikwidowano getto, Żydów krakowskich, którzy uniknęli wówczas śmierci, przeniesiono do obozu pracy Płaszów. Schindler postarał się wtedy o pozwolenie na utworzenie podobozu obozu Płaszów na zakupionej przez siebie parceli, przylegającej do DEF. W barakach na Zabłociu skoszarowano pracowników Emalii oraz trzech sąsiednich firm produkujących na potrzeby armii niemieckiej.
Obóz otoczono drutem kolczastym, wybudowano wieże strażnicze, a między barakami usytuowano plac apelowy. Dla podobozu powołano służbę medyczną, lekarstw dostarczała Żydowska Samopomoc Społeczna (JUS). Warunki żywieniowe były znacznie lepsze niż w obozie Płaszów, szczególnie ze względu na współpracę z Polakami i możliwość kontaktu za ich pośrednictwem z miastem. Produkcję w fabryce oraz obóz poddawano kontrolom, często bywał tu komendant obozu Płaszów, Amon Goeth.
W miarę jak front wschodni zbliżał się do Krakowa, Niemcy przystępowali do likwidacji obozów i więzień na wschodzie Generalnego Gubernatorstwa. W związku z tym Oskar Schindler postanowił ewakuować fabrykę zbrojeniową wraz z jej pracownikami do Brünnlitz w Czechach. Zakład umieścił w byłej fabryce tekstyliów. Obóz w Brünnlitz był filią obozu koncentracyjnego Gross-Rosen. Około 1200 więźniów pracowało tam do 8 maja 1945 roku, kiedy wyzwoliła ich Armia Czerwona.
W związku z przeniesieniem produkcji do Brünnlitz, produkcja w zakładzie przy ul. Lipowej 4 stanęła. Dwa lata po zakończeniu II wojny światowej zabudowania fabryczne znacjonalizowano. W 2005 roku tereny dawnego zakładu przeszły na własność miasta Krakowa.
Po licznych dyskusjach i debatach, z udziałem przedstawicieli wielu środowisk, dotyczących przeznaczenia terenu dawnej fabryki Oskara Schindlera, w 2007 roku przyjęto koncepcję jej podziału między dwie instytucje kultury. W budynku administracyjnym zrealizowano projekt wypracowany przez Muzeum Historyczne Miasta Krakowa, zakładający stworzenie w nim wystawy opowiadającej o losach miasta i jego mieszkańców w okresie okupacji niemieckiej (1939–1945). Natomiast hale pofabryczne przeznaczono na Muzeum Sztuki Współczesnej, które powstanie po ich przebudowie według wyłonionego w konkursie projektu włoskich architektów z pracowni Claudio Nardi Architetto.
Oskar Schindler
Oskar Schindler urodził się w 1908 roku, w Zwittau na Morawach (wówczas Austro-Węgry, obecnie Svitavy w Czechach). W wieku dwudziestu lat ożenił się z Emilie Pelzl, córką zamożnych rolników. Oskar pracował w fabryce maszyn rolniczych swojego ojca do momentu jej upadku spowodowanego kryzysem gospodarczym. Zatrudnił się wtedy jako przedstawiciel handlowy jednego z zakładów w Brnie.
W 1935 roku wstąpił do Partii Niemców Sudeckich (SDP), w niedługim czasie został też członkiem Abwehry – wywiadu i kontrwywiadu niemieckich sił zbrojnych. Za działalność w tej organizacji, którą prowadził na terenie Czechosłowacji i Polski, aresztowano go w 1938 roku, ale wkrótce go zwolniono, bo już po aneksji Sudetów przez III Rzeszę. Wtedy też wstąpił do NSDAP (Narodowosocjalistycznej Niemieckiej Partii Robotniczej).
Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Krakowa (6 września 1939) Schindlera przydzielono do tego miasta, gdzie miał się zająć działalnością gospodarczą. Szybko stał się powiernikiem sklepu z garnkami przy ul. Krakowskiej oraz byłej fabryki naczyń emaliowanych Rekord na Zabłociu. Rozwinął działalność zakładu, przekształcając go w Deutsche Emailwarenfabrik (DEF) i następnie, przy wykorzystaniu kapitału pozyskanego od Żydów, znacznie ją rozbudował.
Od tej pory DEF produkowała nie tylko naczynia emaliowane, ale również pracowała na rzecz niemieckiego przemysłu zbrojnego. Dzięki tej ostatniej aktywności zakład miał duże szanse na przetrwanie, bowiem przemysł wojskowy w czasie, gdy działania na frontach intensyfikowały się, mógł liczyć na specjalne przywileje. Fabryka przynosiła dochody głównie z produkcji na rzecz armii, ale czerpała też korzyści ze sprzedaży na tzw. czarnym rynku, za co Schindler był zresztą kilkakrotnie aresztowany.
W DEF z roku na rok było zatrudnionych coraz więcej Żydów, a Schindlerem w tej mierze początkowo kierowały tylko względy ekonomiczne. W 1943 roku, na tyłach fabryki, wybudował obóz dla swoich żydowskich pracowników, w którym skoszarowanych zostało kilkuset więźniów.
W 1944 roku, gdy do Krakowa zbliżał się front, Schindler ewakuował produkcję i pracowników fabryki do Brünnlitz na Morawach, gdzie funkcjonowała ona do momentu pojawienia się Armii Czerwonej (8 maja 1945). Żydowscy pracownicy przekazali Schindlerowi i jego żonie list informujący o jego działalności w czasie wojny, dzięki czemu mógł bezpiecznie wyruszyć w podróż – najpierw do Konstancji, a później do Monachium.