Kontrowersje muzyczne w większości również wydają się wynikiem nieporozumienia. Brutalna, sadystyczna momentami anty-estetyka Naked City czy Painkiller brzmiała odrażająco dla słuchaczy, którzy nigdy wcześniej nie słyszeli hardcore’u czy japońskiego noise’u (bo żadnej z tych stylistyk Zorn przecież nie wymyślił). Wymagające, eksperymentalne kompozycje z lat 70. i 80. mogą przerazić jedynie kogoś, kto nie miał żadnego kontaktu ze swobodną improwizacją lub muzyką współczesną. Dla części odbiorców Zorn był i będzie – jako saksofonista – wyłącznie muzykiem jazzowym. Dlatego wszelkie jego niejazzowe projekty odbierano jako prowokacje – lub w drugą stronę: niezwykle zabawne były wysiłki recenzentów, aby w mrocznej muzyce Painkiller dostrzec jednak jazz.
Zresztą jeżeli nawet historia negatywnie oceni większość artystycznych poczynań Zorna, doceni jego wkład w zmianę postrzegania pewnych gatunków, uznawanych nie tyle za niepoważne, co wręcz niemuzyczne. Fakt, że Naked City – czyli zespół złożony w większości, nazwijmy ich umownie, jazzmanów – posługiwał się stylistyką muzyki hardcore, grindcore, trash metal itd. w oczach krytyki nobilitował te gatunki. Bardzo prawdopodobne, że właśnie wtedy wielu nieco bardziej elitarnie nastawionych słuchaczy usłyszało o nich po raz pierwszy (podobny dług u Zorna może mieć eksperymentalna muzyka z Japonii).
Właściwie jedyny prawdziwie kontrowersyjny aspekt twórczości Zorna to makabryczne okładki płyt Naked City i Painkiller – stosy odrąbanych kończyn, obcięte głowy, wiszące ciała i okaleczone korpusy działają nawet na najbardziej odpornych na wizualny koszmar. Artysta twierdzi, że pokazuje je ze względu na ich, jak to określa, „walory transgresyjne” i przekraczanie granic tego, co społecznie uznane za „piękne” i „makabryczne”. Czy ten element był jednak na tyle ważny, jak można było sądzić po dyskusjach, jakie wywołał? Chyba nie, bo to jeden z niewielu znanych (jedyny?) przypadków, kiedy Zorn ugiął się pod presją publiczności i krytyki i zrezygnował z szokujących okładek (w kompilacji Naked City Black Box można je znaleźć dopiero we wkładce wewnątrz albumu). Kto wie, może jednak właśnie przez te kontrowersje Zorn otrzymał nagrodę MacArthura – tak zwaną „nagrodę geniuszy” – w 2006 roku (w wieku 53 lat), choć przed nim dostawało ją wielu znacznie młodszych muzyków.
Nie wszyscy kochają Zorna – zarzuca mu się niekiedy, że promując w swojej wytwórni Tzadik, a wcześniej w klubach Knitting Factory i Tonic podejście „postmodernistyczne” i „niezaangażowane” wyrządził wielką krzywdę nowojorskiej scenie freejazzowej, skazując nieco bardziej „modernistycznych” muzyków, np. pianistę Matthew Shippa, na wieloletni muzyczny niebyt. Bądźmy jednak uczciwi – znacznie większej ilości muzyków Zorn pomógł, niż zaszkodził. Dave Douglas, Wayne Horvitz, Joey Baron czy Erik Friedlander – nie wspominając o rzeszach młodszych muzyków wydawanych przez Tzadik – mają Zornowi za co dziękować.
Saksofon
Wszystkim, którzy chcieliby w Zornie widzieć wielkiego szarlatana, który w tajemniczy sposób zahipnotyzował publiczność zmuszając ją do śledzenia wytworów swojego chorego umysłu problem sprawia jedna rzecz – John Zorn znakomicie gra na saksofonie. Nie jest wcale rewolucjonistą swojego instrumentu, ale nie sposób nie docenić jego oryginalnego stylu (pomijając już nawet firmowy i nieco nadużywany altowy „krzyk”). Zorn biegle porusza się w stylach z przeszłości – od jazzu modalnego po free, a nawet w bebopie (The Sonny Clark Memorial Quartet, a przede wszystkim świetne News For Lulu z Billem Frisellem i Georgiem Lewisem, gdzie pokazał się jako znakomity interpretator jazzowych klasyków Kenny’ego Dorhama czy Hanka Mobleya). Nie afiszuje się ze swoją grą na saksofonie – podobnie było np. w przypadku Franka Zappy i jego gry na gitarze – tak jakby chciał uniknąć jazzowych konotacji, jakie w nieunikniony sposób budzi saksofon. Nie zmienia to faktu, że wielkość kwartetu Masada opiera się w dużej mierze na instrumentalnej maestrii swojego założyciela.
Masada
Największy komercyjny – dla wielu również artystyczny – sukces Zorna i fundament założonego w 1995 roku wydawnictwa Tzadik, z początku znanego głównie z serii Radical Jewish Culture: niespotykany wcześniej stop muzyki jazzowej (ze wskazaniem na Ornette’a Colemana), muzyki bliskowschodniej (tak żydowskiej, jak i arabskiej) i klezmerskiej, zaskakująco proste jak na Zorna formy i ujmujące melodie, wybitni improwizatorzy w składzie.
Paradoksalnie, to ten projekt spowodował, że krytycy stopniowo znudzili się twórczością Zorna. Nadmierna – przyznajmy to – skłonność do eksploatacji kompozycji Masady w najróżniejszych instrumentalnych kombinacjach, dziesiątki płyt (sama dyskografia oryginalnego kwartetu to przecież 10 płyt), bliźniaczy projekt Bar Kohba – wszystko to sprawiło, że wydawnictwa Tzadika zaczęły wydawać się taśmową produkcją. „Ile jeszcze wersji Masady może powstać?” – pytano. Wyczuwając chyba sytuację, ale nie chcąc zrezygnować całkowicie z płodnego artystycznie pomysłu, Zorn zaczął coraz częściej nakłaniać do nagrywania jego kompozycji innych artystów, aby potem wydawać je w serii Book of Angels. I jeśli nawet mamy już serdecznie dość kolejnych wcieleń i wykonań Masady, takie niespodzianki jak Tap: Book of Angels Volume 20 autorstwa Pata Metheny’ego podtrzymują sens tego przedsięwzięcia.